Le 3 février 1991, l'amiral Jacques Lanxade, chef d'état-major des armées soumet diverses options envisagées, notamment l'envoi d'un détachement qui devrait "durcir le dispositif rwandais" mais qui pourrait être interprété par les autorités rwandaises comme "un soutien inconditionnel à leur politique", indique-t-il dans une note. Ce détachement est envoyé le 21 mars.
L'ambassadeur Martres écrit le 19 janvier 1993 un télégramme dans lequel il fait état du témoignage d'un ancien membre des escadrons de la mort du nom de Janvier Afrika, selon lequel le président Habyarimana aurait intimé "l'ordre de procéder à un génocide systématique en utilisant, si nécessaire, le concours de l'armée".
Le président Habyarimana a été assassiné le 6 avril, donnant le coup d'envoi d'un génocide qui a fait 800.000 morts, essentiellement des membres de la minorité tutsie et des opposants hutus, en une centaine de jours.
Le 24 novembre 2006, le Rwanda a rompu ses relations diplomatiques avec la France à la suite de l’émission de mandats d’arrêt contre des proches du président Paul Kagame, dans l’enquête française sur l’attentat M. Juvénal Habyarimana.
Kigali accuse Paris d'avoir soutenu les forces qui ont commis le génocide et l'armée française d'avoir facilité la fuite des génocidaires dans le cadre de l'opération militaro-humanitaire Turquoise (fin juin à fin août 1994), sous mandat de l'Onu.
