Les points cardinaux de son action, durant ses quatre ans au pouvoir, étaient : la lutte contre la corruption, le développement autocentré, la condamnation du néocolonialisme, l'éducation et la santé pour tous, l'émancipation des femmes.
Dans tous ces domaines, il a adopté des mesures concrètes comme la réduction du train de vie de l’Etat (à commencer par le sien propre), l'interdiction de certaines importations de produits alimentaires, la réforme agraire, l'organisation de campagnes de scolarisation et de vaccinations (pour lesquelles il a reçu les félicitations de l’Organisation mondiale de la santé), la dénonciation des ingérences françaises, l'interdiction de la polygamie, la lutte contre l’excision, etc.
Les commémorations du vingtième anniversaire du coup d’Etat au cours duquel Sankara a trouvé la mort s’accompagnent de conférences, de débats et de concerts au Burkina Faso mais aussi en Europe et dans le reste du monde. Ces manifestations se déroulent malgré les menaces de mort lancées contre certains de leurs animateurs.
En mai 2006, le Comité des droits de l’homme des Nations unies a fait droit à une demande de la Campagne internationale justice pour Sankara (CIJS), effectuée au nom de la veuve de Thomas Sankara, Mariam. Il a demandé au gouvernement actuel du Burkina Faso, issu du putsch de 1987, de diligenter une enquête indépendante sur les circonstances de la mort de Sankara et de rectifier son certificat de décès (il porte toujours la mention « mort naturelle »). La procédure se poursuit et une pétition de soutien à la CIJS est lancée. La décision du Comité représente une première dans la lutte contre l’impunité concernant les auteurs de coups d’Etat.
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